Боевики СНД атаковали лагеря беженцев из Эфиопии Агабар и Лас Дуре, расположенные недалеко от Харгейсы, где находились сомалийцы клана огаден и других недружественных исаак кланов. 43 человека было убито, причем 13 из них повстанцы показательно казнили [68] . Эти и другие нападения СНД на лагеря беженцев заставили многих из них вступить в сомалийские вооруженные силы, а также в парамилитарные карательные части. Таким образом, антиправительственный мятеж начал превращаться в межклановую войну, в провоцировании которой, как видно, виноваты не только части, верные Сиаду Барре. Вскоре Барре объявил восстание на севере «мятежом племени исаак» против единства Сомали.
Армия, части МВД и спецслужбы широко применяли расстрелы и пытки. За время боев только за первые два месяца погибли до 10 тыс. человек [69] . С мая 1988 года по январь 1989 года в северо-восточные районы Эфиопии бежали от 300 до 500 тысяч сомалийцев [70] . Неучтенное количество беженцев приняли Кения, Джибути, а также южное и центральное Сомали. В итоге правительственным силам удалось отбить к середине августа 1989 г. все важнейшие стратегические пункты на севере, но контролировать север страны Сиад Барре уже не мог.
Отряды СНД в середине ноября после тяжелых боев захватили важнейший стратегический город Галькайо в 400км к северу от Могадишо. Решающим моментом в этом сражении стал переход на сторону повстанцев четырех полковников из командования гарнизона и еще 64 офицеров из различных частей, защищавших город, причем многие сдались вместе с подчиненными солдатами [71] .
Вторым последствием подписания договора о мире с Эфиопией стала потеря Спадом Барре лояльности клана огаден. Огаден были одними из самых преданных сторонников Сиада Барре именно из-за его позиции по поводу эфиопского Огадена, где члены их клана составляют большинство населения. Теперь они стали считать его предателем. В конце 1988 года был отстранен от должности, а в июле 1989 года был арестован министр обороны Аден Абдуллахи Hyp Габьо (огаден). Он отказался передать в подчинение МВД созданные им отряды милиции беженцев из Огадена [72] . 22 марта армейские офицеры из этого клана захватили военную базу в Кисмайо и вооружили своих сторонников [73] . Началось массовое дезертирство огаден из армии. 17 июля 1989-го дезертировал полковник Ахмед Омар Джесс (огаден) — командующий правительственными войсками в Харгейсе [74] . С ним ушли 60 офицеров и солдат. Потеря бойцов клана огаден означала неминуемый крах режима Сиада Барре. В апреле 1990 года он попытался исправить ситуацию, послав в Кисмайо представительную делегацию. Переговоры о примирении ни к чему не привели, и в апреле на юге началось восстание огаден под руководством полковника Башира Билилико. Билилико и Омар Джесс сформировали Сомалийское патриотическое движение (СПД) клана огаден [75] .
В мае 1990 года видные политические деятели сформировали Совет по национальному примирению и спасению (СНПС), позже названный группа «Манифест». 5 мая они представили диктатору «Манифест», подписанный 114 крупными политиками, бизнесменами и учеными с требованием начать широкие политические реформы и предложением Барре уйти в отставку, передав власть временному комитету. Барре отказался и арестовал более 70 функционеров группы. 14 июля в Могадишо во время футбольного матча началась стихийная демонстрация. Силы безопасности открыли огонь. По подсчетам оппозиции, по меньшей мере 450 человек были убиты, тысяча ранена и две тысячи арестованы [76] . Неделю спустя 46 политиков из группы «Манифест» были приговорены к смерти. Но толпы протестующих окружили здание суда, и Сиад Барре впервые за двадцать лет правления отменил свое решение. Беспорядки в Могадишо вспыхивали раз за разом.
В ноябре лидеры ОСК, СНД и СПМ тайно встретились с Менгисту Хайле Мариамом, который пообещал им военную и финансовую помощь в случае, если они объединят усилия в борьбе против режима Барре [77] . Договор о совместных боевых действиях был заключен, но повстанческие группировки продолжали действовать независимо.
В октябре 1990 года Барре представил новую конституцию, многопартийные выборы были назначены на февраль следующего года. Барре сместил своего сына с поста главнокомандующего и назначил своего зятя генерала Сайда Херси «Моргана», сделав его также министром обороны. Многие политики рассматривали его как возможного преемника Барре [78] . Однако генерал «Морган» уже был не в силах что-либо изменить. Линии фронта больше не существовало. На севере дезорганизованные правительственные войска оставили полуразрушенные Харгейсу, Бурао и порт Бербера. За два года боев на севере погибло от 50 до 60 тысяч человек из кланов исаак [79] .
В конце декабря отряды ОСК вошли в Могадишо, чтобы помочь милиции родственных кланов. Сиад Барре приказал провести тотальную зачистку столицы [80] . Начались уличные бои, но армия и спецслужбы уже были окончательно разложены, и к 1 января 1991 года повстанцы взяли под контроль почти весь город. Сиад Барре укрылся в бункере рядом с международным аэропортом под охраной верных частей.
5 января состоялись переговоры между Спадом Барре, группой представителей «Манифеста» и ОСК/Махди. По окончании Барре объявил, что готов уйти в отставку, уступив кресло президента Адену Абдуллахи Осману Дару — бывшему главе государства с 1960 по 1967 год [81] . Однако вечером того же дня на колонну автомашин, в которой ехали руководители группы «Манифест», атаковал отряд автоматчиков. Два функционера были убиты, двое тяжело ранены. По городу пронесся слух, что нападение организовал генерал Фарах Айдид [82] . Оно, по сути, стало первым столкновением качественно нового этапа гражданской войны, который начнется в ближайшие месяцы.
Поражение в Огаденской войне, последующие попытки Сиада Барре и его окружения восстановить авторитет власти за счет северных кланов исаак и катастрофическая экономическая ситуация привели к цепной реакции. Появились новые оппозиционные движения в дополнение к уже существовавшим, и все встали на путь вооруженной борьбы. Фактически восстали все самые многочисленные и влиятельные кланы. К тому же к этому моменту уже прекратил свое существование биполярный мир, закончилось противостояние двух великих держав, и Сомали, как и большинство африканских стран, оказались предоставленными сами себе. Без внешней поддержки справиться с повстанцами режим Сиада Барре не мог.
В итоге всеобщее восстание, начавшееся с мятежа северных кланов исаак, закончилось победой повстанцев. Однако сформировавшиеся за это время настоящие клановые армии, демобилизовать которые было невозможно, теперь готовы были сражаться за власть дальше, хотя ни у одной из них не было достаточно сил для окончательной победы. В отличие от времен гражданского правления в 1960-1969 годах и военной диктатуры Сиада Барре, когда у власти находилась одна клановая элита, которой для удержания власти приходилось искать союзников или запугивать конкурентов, теперь в Сомали образовалось несколько независимых клановых центров силы. Идеологическая составляющая всех повстанческих движений утратила свое значение. Клан стал главным рычагом в борьбе за власть.